1999年6月10日，經國家教育部批準，由北京輕工業學院與北京商學院合并組建北京工商大學，同時，機械工業管理干部學院并入，由北京市負責領導和管理。

北京商學院先后隸屬商業部、國內貿易部，前身是中華全國供銷合作總社干部學校和中央商業干部學校。中華全國供銷合作總社干部學校建于1950年初，中央商業干部學校建于1953年，1958年中華全國供銷合作總社干部學校合并到中央商業干部學校。1959年商業部經國務院批準成立中央商學院，1960年更名為北京商學院，中央商業干部學校與北京商學院合并。1969年北京商學院因“文化大革命”停辦，1978年經國務院批準恢復招生。北京商學院是我國建國后建立較早的專門培養經濟管理人才的高等院校之一，是國務院批準的全國首批碩士學位授予單位。北京輕工業學院創建于1958年，是我國最早建立的一所輕工業高等學校。1970年遷入陜西省咸陽市，1978年經國務院批準在北京原址重建，先后隸屬于輕工業部和中國輕工總會，主要面向輕工行業培養高級專門人才。機械工業管理干部學院建于1982年，隸屬于機械工業部，主要是面向機械工業行業培養管理干部。合并組建后的北京工商大學步入了新的發展時期，綜合實力顯著增強，由單科性大學發展成為以經、管、工為主，經、管、工、理、文、法、史等學科相互支撐、協調發展的多科性大學，并確立了把學校建設成為一所特色鮮明的教學研究型大學的奮斗目標。

2005年6月10日，中國社會科學院常務副院長、博土生導師冷溶教授來校舉辦了題為《用馬克思主義立場、觀點、方法指導哲學、社會科學發展》的講座，旨在貫徹執行黨中央下達的三項教育活動，結合學校教育工作實際學習馬克思主義。

2007年6月10日，北京市高校第28屆健美操、藝術體操比賽在中國傳媒大學拉開帷幕，學校健美操代表隊獲競技健美操三級等級動作團體第一。梨園獲三級女子單人操第一名；李勃南獲三級男子單人操第一名；李云潔、梨園、徐芊獲三級三人操第一名；在大眾健美操等級規定動作比賽中，李云潔、梨園、徐芊、趙書琪、趙蕾、曹馨六人贏得該項最高分；李勃南獲二級男子單人第二名并以此成績通過國家二級運動員等級；另兩名新隊員通過國家三級運動員等級。

1982年6月11日，機械部部長周建南、副部長楊鏘聽取機械工業管理干部學院籌備工作匯報，為機械工業管理干部學院定名。

2010年6月11日晚，北京工商大學60周年校慶文藝晚會隆重開幕。觀看本次演出的有黨委書記孫堯東，校長譚向勇，黨委副書記盧思鋒，黨委副書記兼紀委書記張德玉，副校長李朝鮮、呼文亮，中國工程院院士陳克復，大連工業大學黨委書記張杰威、哈爾濱商業大學副校長劉雪松、云南財經大學黨委副書記潘祖和、內蒙古財經學院副院長陳志平、什邡南泉中學校長車毅及各位校友代表，學校離退休老干部及師生代表。

1999年6月12日，北京工商大學舉行成立大會，教育部計劃發展司司長紀寶成宣讀了組建北京工商大學的決定，國務院副秘書長、國家教科領導小組成員徐榮凱和北京市市長劉淇為學校成立揭牌。新組建的北京工商大學有本科專業30個、碩士研究專業17個，覆蓋經濟學、法學、文學、歷史學、理學、工學、管理學八大學科門類，從根本上改變原來各院校學科結構單一的局面。成為北京市重點建設大學。這是我國首次由屬于不同部委的院校之間進行的合并。

2010年6月12日，北京工商大學建校60周年慶祝大會在良鄉校區文體館隆重舉行。中共中央政治局常委李長春、全國人大常委會副委員長陳至立、中華人民共和國商務部部長、黨組書記陳德銘？發來賀信，向全校師生員工致以熱烈的祝賀和誠摯的問候！各級領導、國內外高校代表、社會各界嘉賓、海內外校友，以及學校全體領導、師生代表齊聚一堂，共賀工商六十華誕。

北京工商大學黨委書記孫堯東宣讀了李長春、陳至立、陳德銘同志的賀信、題詞及教育部、中國輕工業聯合會的賀信。校長譚向勇發表了熱情洋溢的講話。

出席慶祝大會的領導和嘉賓有：中華全國工商業聯合會副主席謝經榮同志，中國輕工業聯合會副會長、全國政協常委潘蓓蕾同志，財政部副部長、黨組成員朱光耀同志，全國政協常委、民革中央副主席、北京市委主委、北京市政協副主席傅惠民同志，致公黨中央副主席、天津市政協副主席、天津科技大學校長曹小紅同志，中國輕工業聯合會高級顧問張善梅同志，中共北京市委副秘書長張建明同志，中共北京市委教育工委常務副書記劉建同志，中共北京市委教育工委副書記、市教委主任劉利民同志，中國人民大學校長紀寶成同志，中國農業大學校長柯炳生同志，愛爾蘭國考克大學校長邁克爾• 墨菲先生，中國工程院陳克復院士。

2008年6月13日，抗震救災英模事跡報告團首都高校專場報告會在學校良鄉校區舉行，蔣敏、楊劍、李國華、龍德強、黃金坡、張泉靈等6位報告團成員，為學校和北京理工大學等校1000多名師生講述了自己在救災過程中的親身經歷和真切感受。中央電視臺、北京電視臺、北京日報、中國教育報、中國青年報、北京青年報等多家媒體從多個角度對英模報告會進行報道，千龍網對報告會進行了現場直播。

2008年6月13日，第14屆世界食品科技大會第四次學術委員會工作會議在福州大學召開，學校副校長、大會學術委員會委員、化學與環境工程學院孫寶國教授出席了會議。會議通報了第14屆世界食品科技大會論文征集情況。大會共收到68個國家和地區的論文摘要2147篇，其中：中國889篇，學校提交論文42篇，在國內各單位中與浙江大學并列第7名。大會由國際食品科技聯盟與中國食品科技學會共同主辦。

2003年6月15日，北京市委常委、市教育工委書記朱善璐和市教育工委常務副書記夏強一行前往東方大學城調研，召開了進駐大學城的28所院校負責人座談會，隨后，朱善璐一行在廊坊市市長吳顯國和校長沈愉的陪同下，看望、慰問了分校全體師生。對學校在特殊時期將分校教學方式由“走教”改“住教”的果斷決策給予肯定，并對分校師生在這一時期所做出的各種努力表示感謝，鼓勵大家繼續堅持“兩手抓”的方針，爭取兩條戰線上的勝利。

2010年6月15日上午，正在我國訪問的愛爾蘭總統瑪麗·麥卡利斯在中國大飯店與中愛兩國工商、教育界專家舉行了商務早餐會。學校校長譚向勇教授應邀參加了會議并與瑪麗·麥卡利斯總統及兩國其他官員同桌共進早餐。

2005年6月16日，學校關心下一代工作委員會成立大會在學校阜成校區召開，校黨委書記王守法、副書記唐立軍和關心下一代工作委員會第一屆委員20多人參加了會議，會議由唐立軍副書記主持。以陳仁敏同志為第一屆委員會主任的學校關心下一代工作委員會旨在“老有所為、發揮優勢、關心青年、育人成才”。